Tsvangirai ditahan selepas pilihan raya 2000 lalu didakwa atas kesalahan khianat; tuduhan ini kemudiannya dibuang. [9][10] Pada tahun 2004, Tsvangirai didapati tidak bersalah atas tuduhan merancang untuk membunuh Mugabe menjelang pilihan raya presiden 2002. George Bizos, seorang peguam hak asasi manusia Afrika Selatan yang menyertai pasukan pembelaan Nelson Mandela dan Walter Sisulu di Perbicaraan Rivonia pada tahun 1964, mengetuai pasukan pembelaan Tsvangirai.

Oktober 2000

Tsvangirai ditahan selepas kerajaan mendakwa beliau pernah mengugut Presiden Robert Mugabe. Pemimpin MDC ini memberitahu 40,000 orang penyokong di sebuah perhimpunan di Harare bahawa jika Mugabe enggan meletak jawatan sebelum pilihan raya 2002 "kami akan menggulingkan engkau dengan sekerasnya". Namun begitu, Tsvangirai berkata beliau cuma memberi amaran kepada Presiden Mugabe agar mengenang sejarah. Kata beliau, "Ramai sekali diktator yang enggan mengundur diri secara aman - maka rakyat telah menggulingkan mereka secara kekerasan." Mahkamah pun membuang tuduhan.[11]

Jun 2003

Pada bulan Mei 2003 Tsvangirai ditahan pada tengah hari Jumaat sejurus selepas mengadakan sidang akhbar, pihak kerajaan mendakwa beliau menimbulkan kekacauan. Dalam sidang akhbar itu beliau berkata:

Mulai hari Isnin, 2 Jun, sehingga hari ini, 6 Jun, Mugabe tidak bertanggungjawab terhadap negara ini. Beliau sibuk mengumpulkan angkatan-angkatan penindasan menentang kehendak kedaulatan rakyat Zimbabwe. Sungguhpun begitu, sekalipun dalam konteks kezaliman terhadap mereka, semangat penentangan rakyat masih tidak patah. Bunyi tembakan tidak akan sesekali membisukan gesaan mereka untuk perubahan dan kebebasan.[12]

Mac 2007

Pada 11 Mac 2007 sehari selepas hari jadi beliau yang ke-55, Tsvangirai ditahan sewaktu dalam perjalanan ke perhimpunan ibadat di perbandaran Highfield di Harare.[13]

Isteri beliau dibenarkan melawat beliau di penjara, selepas itu dia mendakwa bahawa suaminya itu teruk dibelasah oleh polis, mengakibatkan luka parah di kepala dan matanya bengkak teruk.[14]. Peristiwa ini mencetuskan bantahan berleluasa dari seluruh dunia dan dianggap sebagai amat kejam dan keterlaluan.

Beliau diseksa oleh sebuah unit komando yang bertapak di Berek Cranborne pada 12 Mac 2007 selepas ditangkap dan ditahan di Balai Polis Machipisa di Highfield.

Sebuan di ibu pejabat MDC

Tsvangirai akhirnya dibebaskan, tetapi pada 28 Mac 2007, polis Zimbabwe menyerbu ibu pejabat kebangsaan MDC di 44 Harvest House dan sekali lagi menahan beliau, berjam sebelum beliau dijadualkan menghadap media mengenai keganasan politik terkini di negara.[15]